一、一級機構（1個）
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二、二級機構（8個）
1 細胞生理學教育部重點實驗室 部級
2 煤炭環境致病與防治教育部重點實驗室 部級
3 分子影像診療協同創新中心 部級
4 慢性腎臟病醫藥基礎研究創新中心 部級
5 塵肺病重點實驗室 部級
6 骨與軟組織損傷修復山西省重點實驗室 省級
7 轉化醫學研究中心 校級
8 c7c7.app-清華大學醫學院前沿醫學協同創新中心 校級
三、三級機構（89個，其中：校本部38個，主要附屬醫院45個，聯合共建6個）
1 出生缺陷與細胞再生山西省重點實驗室 省級
2 細胞生理學山西省重點實驗室 省級
3 山西省臨床級細胞治療轉化中試基地 省級
4 腸道微生態與健康研究所 校級認定
5 腦健康與類腦研究所 校級認定
6 生殖系統疾病與遺傳發育研究所 校級認定
7 炎癥與代謝性疾病藥物研究中心 校級認定
8 食管癌發病機理及臨床轉化研究所 校級認定
9 腫瘤生物學研究所 校級認定
10 晝夜節律與疾病研究所 校級認定
11 智能生物醫學材料研究所 校級培育
12 醫用納米材料研究中心 校級培育
13 環境健康損害山西省重點實驗室 省級
14 重大疾病風險評估山西省重點實驗室 省級
15 環境暴露血管疾病研究所 校級認定
16 環境污染與重大慢病流行病學研究中心 校級認定
17 黃河流域生態公共衛生安全研究中心 校級認定
18 臨床流行病學與循證醫學中心 校級認定
19 營養與食品科學研究所 校級認定
20 早期兒童健康發展研究中心 校級認定
21 社區健康與衛生發展研究中心 校級培育
22 藥物合成與制劑新技術山西省重點實驗室 省級
23 藥物質量控制研究中心 校級認定
24 智能靶向藥物遞送系統研究中心 校級認定
25 道地藥材資源開發研究中心 校級認定
26 法醫學山西省重點實驗室 省級
27 法庭科學研究中心 校級認定
28 健康人文研究中心 省級
29 醫務社會工作發展研究中心 校級認定
30 心理科學與健康中心 校級培育
31 應用倫理研究中心 校級培育
32 臨床決策研究大數據山西省重點實驗室 省級
33 衛生管理與政策研究中心 省級
34 馬克思主義與健康中國研究中心 校級認定
35 分子影像山西省重點實驗室 省級
36 納米成像與載藥制劑山西省重點實驗室 省級
37 實驗動物與人類疾病動物模型山西省重點實驗室 省級
38 干細胞與再生醫學研究中心 校級認定
39 耳鼻咽喉頭頸腫瘤山西省重點實驗室 省級
40 呼吸疾病防治與基礎研究山西省重點實驗室 省級
41 精神障礙人工智能診療山西省重點實驗室 省級
42 智能影像山西省重點實驗室 省級
43 山西省心腦血管三高共管技術創新中心 省級
44 消化系統疾病及器官移植山西省重點實驗室 省級
45 內分泌代謝疾病研究中心 校級認定
46 放射與介入治療研究中心 省級
47 超聲分子影像與影像組學研究中心 校級認定
48 泌尿男生殖外科精準診療研究中心 校級認定
49 神經系統疾病研究中心 校級認定
50 醫用納米抗菌材料研究中心 校級認定
51 生物醫學工程研究中心 校級認定
52 心血管代謝研究中心 校級認定
53 臍帶間充質干細胞研究中心 校級培育
54 神經系統損傷與功能修復研究中心 校級培育
55 腦血管病研究中心 校級培育
56 膿毒癥研究中心 校級培育
57 消化道早期腫瘤診治研究中心 校級培育
58 血液病分子診療山西省重點實驗室 省級
59 心血管疾病診治及臨床藥理山西省重點實驗室 省級
60 風濕免疫微生態山西省重點實驗室 省級
61 納米藥物可控緩釋山西省技術創新中心 省級
62 腎臟疾病研究中心 校級認定
63 超微與分子病理組學研究中心 校級認定
64 病原微生物及免疫相關皮膚疾病研究中心 校級認定
65 氣道過敏醫學研究中心 校級認定
66 肥胖相關代謝性疾病研究中心 校級認定
67 自身免疫病與多組學技術研究中心 校級認定
68 呼吸系統疾病炎性與免疫研究中心 校級認定
69 心身醫學和心理治療研究中心 校級認定
70 冠心病研究中心 校級認定
71 出凝血疾病及惡性血液病研究中心 校級認定
72 骨科與運動康復研究中心 校級認定
73 血管疾病研究中心 校級培育
74 神經病變與修復研究中心 校級培育
75 男性生殖健康研究中心 校級認定
76 循證護理研究中心 校級認定
77 護理管理與健康促進研究中心 校級認定
78 口腔疾病防治與新材料山西省重點實驗室 省級
79 口腔臨床疾病防治研究中心 校級認定
80 口腔生物材料研究中心 校級認定
81 口腔基礎研究中心 校級認定
82 麻醉應激調控與器官保護研究中心 校級培育
83 臨床影像AI研究中心 校級認定
84 錦波功能蛋白聯合實驗室 校級認定
85 兒童消化疾病聯合研究中心 校級認定
86 胸肺疾病聯合研究中心 校級認定
87 北科生命聯合研究中心 校級認定
88 山西愛爾眼科聯合研究中心 校級認定
89 脊髓損傷聯合研究中心 校級認定
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